- 软件介绍
智能摘要
Ledock是一款功能强大的软件，具备诸多日常生活与办公中实用的功能。它界面简洁，却有着不容小觑的强大功能，无论是日常使用还是办公场景，都能成为我们得力的工具。
软件简介
Ledock是一款分子对接软件，支持大规模虚拟筛选，运行速度相当快。它依据配体与受体作用的“锁 - 钥原理”，模拟小分子配体与受体生物大分子的相互作用，对于从事相关科研工作的人员而言十分实用。
使用方法
软件设有两个选项卡，其中LePro用于分子蛋白处理，能够去除蛋白里的离子、金属、水分子等，并生成分子对接所需的IN文件。确定对接参数后，可通过LeDock项目开展分子对接。
一、蛋白准备
在LePro标签的Protein input里选择3cl0.pdb的路径（要注意路径中不能有中文），之后软件会自动在该路径下生成pro.pdb（处理后的蛋白的pdb文件）以及dock.in（用于下一步分子对接的参数文件）。点击Add Hydrogen，这两个文件就会迅速生成。dock.in文件包含均方根偏差（RMSD）、Binding pocket以及Number of binding poses。RMSD指的是对接出来的构象聚类时RMSD的截断值；Binding pocket表示结合位点的3维坐标，分别为Xmin Xmax，ymin ymax，Zmin Zmax；Number of binding poses表示生成的构象个数，聚类后产生的构象数会比之前生成的数目少。
二、分子对接
在LeDock标签的Protein input、Docking input中分别指定上一步生成的pro.pdb与dock.in文件的路径，在Ligand input中指定需要进行对接的配体——lig.mol2的路径（该路径要和前两个文件的路径一致，且对接的分子需为mol2格式）。最后，点击Start docking，会生成Iig.dok文件（对接产生的化合物构象所在文件），此文件可用Pymol来观察化合物的构象。
